Le village des Hôpitaux-Vieux est situé sur la route romaine, qui mène de Besançon à l'Italie. Son histoire est liée à celle de Jean de Chalon, et à la Chatellerie de Jougne.

En 1282, Jean de Chalon obtient le droit de créer un hopital, d'abord justifié par les luttes armées des Seigneurs, puis ensuite pour lutter efficacement contre les épidémies de lèpre et de peste qui sévissent de 1346 à 1349.
Dans un texte de 1393, il est cité l"Hôpital-Viel" et l"Hôpital-Neuf" : première apparition des 2 noms distincts.

Au cours de la guerre de Trente Ans, la France déclare la guerre à l'Espagne, afin de lui prendre la Franche Comté. C'est pourquoi le village sera entièrement détruit en juillet 1639. Le redressement sera très difficile : 37 foyers seulement en 1688...

Sur le plan religieux, le village dépend tout d'abord de la Paroisse de Saint Maurice. Puis, en 1664, suite à la construction de l'église des Hôpitaux-Neufs, est créée la paroisse de Sainte Catherine, à laquelle nous sommes toujours rattachés.

La chapelle Sainte Philomène a été fondée en 1835, par un prêtre responsable de la paroisse.

Au départ, l'agriculture est la ressource principale du village. A la fin du XX° siècle, la proximité de la Suisse, et le développement de l'activité touristique, ont permis un certain essor : le village fait partie de la Station Métabief-Mont d'Or.
Le point culminant est à 1303 m, avec le Mont de L'Herba.

La création du lotissement des Coudrettes confirmera la croissance de notre village. En 1996, dans le bâtiment attenant à la Chapelle, l'école a été réaménagée, et 2 classes accueillent les éléves du regroupement pédagogique.
2003 voit l'implantation d'un nouveau lotissement : celui de la Marandine.
En 2004, c'est celui de la Bégaude qui voit le jour. Puis en 2008, agrandissement du lotissement de la Marandine.

Notre village bouge, s'agrandit, mais sait aussi garder ce petit air rural qui lui va si bien.